Im Jahr 1999 kam er an die HBLFA Raumberg-Gumpenstein, wo er in der Forschung und Beratung zur Tiergesundheit national und international anerkannte Akzente setzte. Unter anderem wirkte er maßgeblich im Forschungsteam bei der Entwicklung des Pansen-Sensors sowie der Ableitung von Daten-Auswertungstools mit. Dieser Sensor sowie die Software dazu wird heute weltweit in der Rinderhaltung eingesetzt und ermöglicht die kontinuierliche pH-Wert Messung, eine digitale Datenübermittlung, die Bewegungsmessung und auch die frühzeitige Erkrankungs- und Brunsterkennung.

2014 wurde Dr. Gasteiner, neben seiner Tätigkeit als Institutsleiter im Institut für „Tier, Technik und Umwelt“ auch zum Leiter für Forschung und Innovation der HBLFA Raumberg-Gumpenstein bestellt. In dieser Zeit wurden an der HBLFA viele wichtige Akzente gesetzt. Zu den neuen Themenschwerpunkten an der HBLFA zählen heute die Ökobilanzierung, die Forschung zu den Klimawandelfolgen- und möglichen Anpassungsstrategien, die Digitalisierung in der Landwirtschaft, die neuen Bewertungstools für Tierwohl, die rechtlichen Fragen in der Stallbaugenehmigung sowie die Alm- und Bio-Forschung. Daneben wurde auch die weitere Verschneidung zwischen dem Forschungs- und dem Schulbereich an der HBLFA ausgebaut, sodass die Synergien zwischen Bildung, Beratung und Forschung heute  an der HBLFA Raumberg-Gumpenstein optimal genutzt werden können.