Für Phosphatdüngemittel gilt zukünftig ein Grenzwert für das Schwermetall Cadmium. Dieser beträgt 60mg/kg Phosphatdünger. Das Europaparlament stimmte für eine entsprechende Anpassung der Anforderungen an Düngemittel in der EU. Zuvor hatten das Europäische Parlament und die EU-Kommission langfristig einen Grenzwert von 20 mg/kg gefordert. Sie konnten sich aber nicht gegen die EU-Mitgliedstaaten durchsetzen, die vor deutlich höheren Preisen für Phosphatdünger gewarnt hatten. Im Trilog verständigte man sich im November 2018 darauf, dass der Grenzwert in drei Jahren überprüft werden soll. In der abschließenden Debatte in Straßburg wiesen vor allem polnische Abgeordnete auf eine Belastung der Landwirtschaft durch die neuen Auflagen hin. Grüne und Linke warnten dagegen vor einer Anreicherung des Schwermetalls im Boden.

Weiterhin soll der Handel mit organischen Düngemitteln in der EU gefördert werden. In der Verordnung werden Werte für Trockenmasse und Nährstoffe für handelbare organische Düngemittel mit CE-Kennzeichnung festgelegt. Damit soll die Verwertung von Gülle und anderen Wirtschaftsdüngern im Sinne der Kreislaufwirtschaft gefördert werden.